Aufgabe der FPR ist die Durchführung von Forschungsprojekten zu psychischen Langzeiterkrankungen, d.h. ihrer Art, Verlaufscharakteristika, Klassifikation, Diagnostik, Prävention, Therapie, sozialen Auswirkungen und Möglichkeiten der sozialen Integration betroffener Menschen.

Chronische Erkrankungen sind ein Problem des Gesundheitswesens in allen medizinischen Bereichen. Dies gilt insbesondere jedoch für psychische Störungen, die in ihrer Mehrzahl Langzeiterkrankungen sind, von hirnorganischen Störungen, über Suchterkrankungen, schizophrene Psychosen, affektive Störungen oder Persönlichkeitsstörungen. Sie führen zudem auch regelhaft zu Problemen in der Lebensbewältigung und stellen in der modernen Arbeitswelt, die vorrangig psychische Anforderungen stellt, einen wesentlichen Grund für Arbeits- und Erwerbsunfähigkeit dar.

Nach dem Sozialgesetzbuch IX, § 2 gilt, dass Menschen mit Langzeiterkrankungen, die zugleich mit Teilhabebeeinträchtigungen einhergehen als Behinderung anzusehen sind, die einer Rehabilitation bedürfen. Aufgabe der Rehabilitation und speziell auch der medizinischen Rehabilitation ist nach SGB IX, § 42, Behinderungen einschließlich chronischer Krankheiten abzuwenden, zu beseitigen, zu mindern, auszugleichen, eine Verschlimmerung zu verhüten oder Einschränkungen der Erwerbsfähigkeit und Pflegebedürftigkeit zu vermeiden, sowie den vorzeitigen Bezug von laufenden Sozialleistungen zu verhüten oder laufende Sozialleistungen zu mindern. Im Gesetz werden als Leistungen der medizinischen Rehabilitation u.a. aufgeführt ärztliche du psychotherapeutische Behandlungen, Arznei- und Heilmittel, Frühförderung und Belastungserprobungen, Hilfen bei der Krankheitsverarbeitung, Unterstützung durch soziale Einrichtungen.

Erfahrungen der Akutmedizin sind nur bedingt auf die Rehamedizin übertragbar, weshalb es einer eigenständigen Forschung bedarf zu Chronizität und Multimorbidität, Übergängen zwischen somatischen und psychischen Erkrankungen, funktionaler Gesundheit, patientenorientierter ganzheitlicher Versorgung und klinischen Versorgungsforschung. Die Rehabilitationsforschung umfasst dementsprechend die patienten- und krankheitsbezogene Forschung ebenso wie die Struktur- und Versorgungsforschung.

Aus dem umfassenden bio-psycho-sozialen Ansatz der Rehabilitation leitet sich die Interdisziplinarität der Reha-Wissenschaften ab. Über die Medizin hinaus arbeiten viele andere wissenschaftliche Fachgebiete zusammen (Psychologie, Sozialwissenschaften, Rechts- und Wirtschaftswissenschaften u. a.). Es gibt Kooperation mit ambulant tätigen Ärzten und Psychotherapeuten, Rehabilitationskliniken und sonstigen medizinischen Einrichtungen, Arbeitsmedizinern und -psychologen, sowie Sozialversicherungen.